晶体学

    AFITT

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    晶体密度的自动配体拟合

    AFITT是唯一的软件提供的吗全自动配体过程这优化了适合密度的实际空间,同时保持构象应变到最小。它利用了OpenEye开发的核心技术的组合,特别是构象生成、形状潜力、高质量小分子结构最小化和可视化。在找到合适的构象并将它们对准密度之后,关键步骤是实现a结合力场和形状势的细化,通过一系列绝热优化[1,2]。

    AFITT的分布包括一个GUI和一组命令行应用程序.GUI允许用户交互执行自动配体拟合和细化字典生成。此外,命令行工具提供了一种强大的方法集成和自动化这对于高通量晶体学在药物发现中的应用至关重要。

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    电子密度背景下的交互式三维分子编辑。

    特性

    • 快速自动配体拟合过程适合低能量配体构象密度,通常在不到一分钟
    • 复杂配体的多种化学力场(MMFF94, PM3)
    • 使用几种方法自动(可选)重新装配侧链到密度
    • 完全自动化的向导简化了工作流
    • 基于任务的界面简化了工作环境
    • 二维和三维分子编辑器
    • 搜索配体,以确定它们之前是否沉积过,如果不匹配,报告冲突
    • 自动共价检测
    • 使用MMFF94为REFMAC、PHENIX和CNX生成精炼字典
    • 柔性分子(≤20个可旋转键)性能优异,密度低(分辨率≤3.5 Å)
    • 集成了傻瓜

    参考文献

    1.结合力场和形状势的配体自动放置和细化弗洛德克,斯基尔曼,尼科尔斯。学报2006741 - 749, D62。

    2.在菲尼克斯使用AFITT改进晶体细化配体几何Janowski, p.a., Moriarty, N.W, Kelley, b.p., Case,地检,York, d.m., Adams, p.d.,和Warren, G.L.Acta结晶的D,2016D72, 1062 - 1072。

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