结晶学

    阿菲特

    阿菲特

    晶体密度的配体自动拟合

    阿菲特是唯一提供全自动配基过程这优化了一个真实的空间适合密度,同时保持构象应变最小。它利用OpenEye开发的核心技术组合,特别是构象生成、形状潜力、高质量小分子结构最小化和可视化。在找到合适的构象并将其与密度对齐后,关键步骤是实施结合力场和形状势的细化,通过一系列绝热优化[1,2]。

    AFITT分布包括GUI和命令行应用程序集合. GUI允许用户以交互方式执行自动配体拟合和优化字典生成。此外,命令行工具为集成和自动化这对于高通量晶体学在药物发现中的应用至关重要。

    有关详细信息,请参阅阿菲特,查看以下链接:


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    生成多个解决方案并188BET有苹果版吗进行排序。
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    电子密度背景下的交互式三维分子编辑。

    特征

    • 快速自动配体装配过程将低能配体构象与密度匹配,通常不到一分钟
    • 多种化学力场可用于复杂配体(MMFF94,PM3)
    • 使用多种方法自动(可选)将侧链重新装配到密度
    • 全自动向导简化了工作流程
    • 基于任务的界面简化了工作环境
    • 二维和三维分子编辑器
    • 搜索配体以确定它们以前是否存放过,如果不匹配则报告冲突
    • 自动共价检测
    • 使用MMFF94为REFMAC、PHENIX和CNX生成细化字典
    • 即使使用柔性分子,性能也非常优异(≤ 20个可旋转键)和低密度(分辨率≤ 3.5 Å)
    • 与Coot集成

    工具书类

    1.结合力场和形状势的自动配体放置和细化斯基尔曼A.G.,尼科尔斯A。,晶体学报.,2006,741-749,D62。

    2.在Phenix中使用AFITT改进晶体细化中的配体几何形状Janowski,P.A.,Moriarty,N.W.,Kelley,B.P.,Case,D.A.,York,D.M.,Adams,P.D.,和Warren,G.L。,晶体学报D,2016,D72, 1062-1072.

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