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以字节速度搜索:加速相似性和子结构搜索

以字节速度搜索:加速相似性和子结构搜索

可能存在的药物样分子数量惊人,估计高达10个60,超过宇宙中原子的数量。

商业上可获得的合成药物样分子的集合现在已经达到数十亿,而且这些集合正在定期扩大,而化合物的虚拟集合可能超过一万亿个分子。

为了解决可访问化学空间的快速增长所带来的挑战,OpenEye Scientific一直专注于加速CPU和GPU的分子搜索算法,特别是GraphSim TK的相似性搜索和OEChem TK的子结构搜索。188金宝慱官网送188由于最近的这些升级,你现在能够在几秒钟内搜索10亿个分子。

[GraphSim TK, OEChem TK]
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OpenEye发布额外的超大规模COVID-19虚拟筛查数据供公众使用

OpenEye发布额外的超大规模COVID-19虚拟筛查数据供公众使用

我们对接研究中前四名得分的ACE2。这四个化合物是从Enamine REAL文库中筛选出的约14亿个可合成化合物。的这个对接研究的前10,000个点击量可以免费下载。

简介:为了帮助寻找新冠病毒-19的潜在治疗方法,OpenEye完成了多项大规模的计算研究。第一个数据集于4月27日发布(//www.soha-it.com/blog/openeye-deploys-the-orion-molecular-design-platform-to-find-covid-19-therapeutics).在这里,我们发表了第二组这样的结果,并让他们免费提供,以推进对治疗的研究。

【新闻、大规模虚拟筛查、COVID-19、Giga对接、ACE2】
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OpenEye部署Orion分子设计平台,寻找COVID-19疗法;将结果免费提供

OpenEye部署Orion分子设计平台,寻找COVID-19疗法;将结果免费提供

SARS-CoV-2 Mpro蛋白酶和我们对接研究中得分前三的。这三个化合物是从Enamine REAL文库中筛选出的约14亿个可合成化合物。的这个对接研究的前10,000个点击量可以免费下载。

简介:为了快速找到COVID-19的潜在疗法,OpenEye完成了多项大规模计算研究。在这里,我们发表了第一组这样的结果,并让他们免费提供,以推进对治疗的研究。

[新闻,大规模虚拟筛查,新冠病毒-19,千兆对接]
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猎户座非平衡开关的相对束缚自由能

猎户座非平衡开关的相对束缚自由能

盖塔诺·卡拉布罗博士,OpenEye&Christopher Bayly博士,OpenEye

各种自由能模拟方法,如FEP、TI和λ动力学,利用原子MD或蒙特卡罗模拟来确定沿着炼金术路径的两个配体之间的相对结合自由能(RBFE)。非平衡切换(NES)是一种相对较新的方法来估计结合亲和力的基础上计算热力学功沿着快速,非平衡炼金术路线。在猎户座,De Groot的RBFE-NES方法的实现已经在几个目标上进行了测试。

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更容易更好

更容易更好

曾经有一段时间,大多数化学实验的重要部分都涉及吹制玻璃,但现在不是了。装满标准烧瓶、冷凝器、连接器和管道的仓库让化学家们可以多关注一些化学,少关注一些管道。当科学突破使我们取得巨大进步时,这是一件美妙的事情,但当我们减轻了一些小负担或简化了一些日常任务时,我们也在一步一步地前进。

[OEChem TK,科学]
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将ApacheMaven与OpenEye一起使用

将ApacheMaven与OpenEye一起使用

Maven是一个管理Java项目的工具。除了其他特性外,它还强制需求、管理依赖项和定义工件创建。本指南解释了如何使用Maven与OpenEye jar。要熟悉Maven,请阅读5分钟指南和入门指南.本文的其余部分假设Java和Maven已经安装并正常工作。遵循示例HelloMaven项目将会很有帮助,可在
https://github.com/oess/HelloMaven,同时阅读本指南。

[Apache, development, Maven, OpenEye]
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石墨烯:促进蛋白质配体可视化

石墨烯:促进蛋白质配体可视化

我们如何更快速有效地提取蛋白质-配体复合物三维结构中包含的丰富复杂信息和知识?在2015年2月的工具包发行版中,OpenEye通过配体的部署扩展了在二维中表示复杂三维蛋白质-配体结构的能力在蛋白质中的描述,LDiP 1.0。这将节省医学化学家和蛋白质生物物理学家在3D分子查看器中盯着复合物列表看无数个小时,而不是使他们能够快速关注关键化合物、关键相互作用或关键特性。LDiP的示例输出如图1所示。重点是清晰和即时的反应在不牺牲重要信息的情况下进行演示。

[应用科学,Grapheme TK, OEDocking, Python, ROCS]
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我们的文档已经移动了

我们的文档已经移动了

我们已经将我们的文档登陆页移动到一个更容易记住的地址http://docs.eyesopen.com。它有一个新的登录页,可以在两倍的时间内交付我们的内容。您当前的书签仍然有效,但我们建议使用http://docs.eyesopen.com作为我们的应用程序和工具包的首选资源。

[开发、Python、支持]
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化合物选择推荐系统

化合物选择推荐系统

就在最近,雅培实验室的斯旺等人发表了基于结构和配体的虚拟筛选的统一概率框架“在《药物化学杂志》上。如果你还没有读过,我强烈推荐。这篇论文是Muchmore等人以前的工作的一个非常有趣的延伸,也是Abbott实验室的。Muchmore的论文。”信念理论在相似数据融合中的应用,用于模拟搜索和铅跳变提出了一个系统,用于计算基于配体相似性的任意两个分子表现出相似生物活性的可能性的定量估计。Swann的论文扩展了这项工作,包括使用对接从基于结构的虚拟筛选中获得的信息。

[business, FastROCS, FRED, GraphSim TK, ROCS]
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云计算

云计算

我们的用户经常问我,OpenEye的许可模式是否允许他们在云上运行OpenEye软件。由于这似乎是一个普遍关注的问题,也是许多团体潜在的法律障碍,我想确保我们的答案在这里是明确和明确的。

(业务、云许可)
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