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以字节的速度搜索:加速相似性和子结构搜索

以字节的速度搜索:加速相似性和子结构搜索

可能存在的药物状分子的数量是惊人的。估计范围高达1060.,超过宇宙中的原子数量。

数十亿的商业上可获得的合成可接近药物样分子的收集,这些系列定期扩展,而化合物的虚拟集合可以超过千分之一的分子。

为了解决无障碍化学空间大小的快速增加所带来的挑战,Openeye科学已经专注于加速我们的CPU和GPU的分子搜索算法,特别是在Graphsim Tk和Ouchem TK中的子结构搜索中的相似性搜索。188金宝慱官网送188由于这些最近的升级,您现在可以在几秒钟内搜索十亿分子。

[Graphsim TK,Oechem TK]
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Openeye发布额外的GIGA规模虚拟筛选Covid-19数据供公众使用

Openeye发布额外的GIGA规模虚拟筛选Covid-19数据供公众使用

ACE2与我们的对接研究中排名前的四分之一评分。四种化合物选自约14亿可合成化合物的烯胺实际文库。这这项对接研究中的前10,000名令人自由地下载。

概括:为了帮助搜索寻找Covid-19的潜在治疗方法,Openeye已经完成了多个大规模计算研究。第一个数据集于4月27日发布(//www.soha-it.com/blog/openeye-deploy-the-orion-molecular-design-platform-to-find-covid-19-therapeutics.)。在这里,我们发布了第二组结果,并使它们自由地提供推进治疗的研究。

[新闻,大规模虚拟筛选,Covid-19,Giga对接,ACE2]
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Openeye部署Overion Molecular Design平台,寻找Covid-19治疗;自由地提供结果

Openeye部署Overion Molecular Design平台,寻找Covid-19治疗;自由地提供结果

SARS-COV-2 MPRO蛋白酶从我们的对接研究中排名前三个分数。三种化合物选自约14亿可合成化合物的烯胺实际文库。这这项对接研究中的前10,000名令人自由地下载。

概括:努力快速找到Covid-19的潜在治疗方法,Openeye已经完成了多个大规模的计算研究。在这里,我们发布了第一个这样的结果并使它们自由地提供推进治疗的研究。

[新闻,大规模虚拟筛选,Covid-19,Giga对接]
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在猎户座中具有非平衡切换的相对结合可自由能

在猎户座中具有非平衡切换的相对结合可自由能

由Gaetano Calabro Phd,Openeye&Christopher Bayly,Phd Openeye

各种自由能仿真方法,例如FEP,TI和λ动态,利用原子MD或蒙特卡罗模拟,以确定沿着炼金术路径的两个配体之间的相对结合能量(RBFE)。非平衡切换(NES)是一种相对较新的方法来估算沿快速,非平衡炼金术路径的热力学工作的结合亲和力的方法。在猎户座,在少数目标上测试了De Groot的RBFE-NES方法的实施。

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更容易更好

更容易更好

有一段时间,大多数化学实验的重要组成部分涉及玻璃吹,但不再。充满标准化烧瓶,冷凝器,连接器和管道的储藏室已经让化学家们在化学上聚焦一点,并在管道上少一点。虽然当科学突破让我们迈出了巨大的进步时,我们也会向前移动,英寸乘坐,当我们去除小负担或简化一些例行任务时。

[oechem tk,科学]
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使用apache maven与oppeye

使用apache maven与oppeye

Maven是一个管理Java项目的工具。除其他功能外,它还强制执行要求,管理依赖项,并定义伪影创建。本指南介绍了如何使用具有Openeye罐的Maven。为了熟悉Maven,请阅读5分钟的指南和入门指南。本文的其余部分假定Java和Maven已安装和工作。遵循Hellomaven项目的样本,可用
https://github.com/oess/hellomaven.,同时阅读本指南。

[Apache,Development,Maven,Openeye]
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Grapheme:推进蛋白质 - 配体可视化

Grapheme:推进蛋白质 - 配体可视化

我们如何更快速和高效地提取蛋白质 - 配体复合物的三维结构中的信息和知识的丰富复杂性?在2015年2月工具包释放Openeye延伸了在蛋白质中展开配体描述的两个尺寸代表复杂的三维蛋白质 - 配体结构的能力,LDIP 1.0。这将节省药用化学家和蛋白质生物物理学家无数小时盯着3D分子观众中的复合物列表,相反,它们可以快速关注关键化合物,关键相互作用或关键特性。LDIP的示例输出如图1所示。重点是澄清和即时表示,没有牺牲重要信息。

[应用科学,Grapheme TK,OEDocking,Python,Rocs]
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我们的文档已移动

我们的文档已移动

我们已将文档登陆页面移动到更令人难忘的地址http://docs.eyesopen.com.。它具有一个新鲜的着陆页,应该在双倍时间内提供我们的内容。您当前的书签仍将起作用,但我们建议使用http://docs.eyesopen.com.作为您的应用程序和工具包的数字资源。

[开发,Python,支持]
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复合选择推荐系统

复合选择推荐系统

刚才,斯旺等人。雅培实验室发表了“基于结构和配体的虚拟筛选的统一,概率框架“在医药化学杂志中。如果你还没有阅读它,我强烈推荐它。本文是由Modmore等人完成的以前的工作的非常有趣的延伸。,也是雅培实验室。信仰理论在模拟搜索中使用相似性数据融合的应用和跳跃“呈现了一种用于计算基于配体相似性具有相似生物活性的可能性的定量估计的系统。斯瓦南的论文扩展了使用对接的基于结构的虚拟筛选获得的信息。

[业务,Fastrocs,Fred,Graphsim TK,Rocs]
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云计算

云计算

我们的用户经常被问及Openeye的许可模型是否允许它们在云中运行Openeye软件。由于这似乎是许多团体的共同关注和潜在的法律绊脚石,我想确保我们的答案是明确的并且在这里澄清。

[业务,云,牌]
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