复合选择推荐系统

张贴了 乔卡布里2011年2月28日2:42:35 PM

刚才,斯旺等人。雅培实验室已发表“基于结构和配体的虚拟筛选的统一概率框架“在医药化学杂志中。如果你还没有阅读它,我强烈推荐它。本文是由Muchmore等人完成的以前的工作的非常有趣的延伸。,也是雅培实验室。信仰理论在模拟搜索中使用的相似性数据融合中的应用“呈现了一种用于计算基于配体相似性的任何两个分子表现出类似的生物活性的可能性的定量估计的系统。威士纸的纸张扩展了使用对接的基于结构的虚拟筛选获得的信息。

他主要关注论文中的三个指标:CGO分数来自弗雷德对接程序,组合形状和颜色Tanimoto得分Rocs.以及使用ECFP6计算的2D指纹相似度。这是显着的,因为它们创建了一个统一和可扩展的系统,其有效地将基于结构和配体基的信息以有意义的方式结合,以在任何两个分子之间分配等级等能力的概率。虽然我正在与基于结构和配体的信息相结合的效用的主题,但我想推荐另一个有趣的论文,“FRED姿态预测和虚拟筛选精度“由Mark McGann的Openeye发表于2月份,这表明使用FRED与Rocs结果的混合对接功能进行虚拟筛选时,在执行虚拟筛选时,存在真实的统计学上显着的好处。

回到斯瓦南的论文,我发现特别令人兴奋的是,这个系统可以完全使用Openeye软件重新创建。显然,Fred和Rocs都是核心Openeye套件的一部分,但人们可能不知道的是即将到来的2.0释放graphsim tk.将有两个新的指纹类型(圆形和树)已被显示为对纸张中使用的ECFP6指纹的性能等同。

显然,该系统对制药和生物技术公司具有许多实际效益,而是我认为可以容易地应用的另一个领域是建议系统的基础(如Amazon.com或Netflix)的化学供应商的复合选择。Imagine for a moment going to a compound supplier’s website—and every time you add a compound to your shopping cart, a query is sent to a server that uses the techniques described in the papers by Swann and Muchmore to build a list of all the compounds available for purchase in their database that have a certain threshold probability of equipotency to those in your shopping cart. To make this system work, the software being utilized must be able to return results very quickly. Fortunately, this is an area where OpenEye software excels, particularly when you consider the enormous speed improvements available withFastocs.。我认为这个系统可能是复合供应商的一个非常有利可图的工具,以及从他们购买的人的优质服务。

使用来自Balsamiq的模型生成的图像使用来自Balsamiq的模型生成的图像

该建议制度不必限于复合供应商;它可以很容易地适应内部与公司的公司集合(以及其他虚拟库)在内部工作。在运行HTS屏幕之后,这将是作为后处理步骤。所有HTS命中都会自动进入该系统,然后将根据命中点推荐额外的化合物。这将扩大HTS屏幕中的化合物之外的搜索,并可能从屏幕中恢复一些假阴性。这种方法的一个优点是它可以利用内部结构信息(如在斯瓦南纸中描述),以改善只需由外部服务使用的2D和3D方法即可提高预测准确性。

我对Swann等人完成的工作的影响非常兴奋,并且我期待着了解人们使用我们的工具与2D和3D配体信息相结合结构信息的新的和创新方法。

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