OpenEye发布额外的千兆级虚拟筛查新冠病毒-19数据供公众使用

邮寄人 188金宝慱官网送1882020年5月28日上午10:33:02

ACE2博客,2020年5月

ACE2和我们对接研究的前四名得分命中率。这四种化合物是从大约14亿种可合成化合物的烯胺真实库中选择的。这个这项对接研究的前10000个点击量可免费下载。

总结:为了帮助寻找新冠病毒-19的潜在治疗方法,OpenEye完成了多项大规模的计算研究。第一个数据集于4月27日发布(//www.soha-it.com/blog/openeye-deploys-the-orion-molecular-design-platform-to-find-covid-19-therapeutics)在这里,我们发布了第二组这样的结果,并免费提供这些结果,以推进治疗研究。

COVID-19是一种由新冠状病毒SARS COV-2引起的大流行性疾病,该疾病引起发热、严重呼吸道疾病和一些肺炎。截至2020年5月27日,COVID-19已导致全球351815人死亡。1..

SARS-CoV-2病毒通过其刺突蛋白附着于宿主细胞的血管紧张素转换酶2(ACE2)进入宿主细胞。与SARS-CoV-2病毒刺突蛋白结合的ACE2结构(PDB ID:6M0J和6LZG)2,3表明有利于ACE2峰附着的蛋白质-蛋白质表面。检查apo中的ACE2结构排列(PDB ID:1R42)4.与抑制剂结合(PDB ID:1R4L)4.状态显示配体结合后的构象变化很大。具体而言,在结合棘突蛋白的ACE2区域存在显著的结构重排。这表明与ACE2结合的配体可能破坏病毒进入宿主细胞所必需的蛋白质-蛋白质表面。因此,ACE2抑制可能是治疗新冠病毒-19的一个治疗机会。

在Op188金宝慱官网送188enEye Scientific,我们试图利用我们的专业知识、分子建模工具和猎户座分子设计平台来寻找潜在治疗新冠病毒-19的铅。我们采用了千兆规模的分子对接研究,利用目标蛋白质的三维结构来识别大型文库中的铅化合物(超过10亿)类药物分子。

利用ACE2与实验性药物化合物MLN-4760 (PDB ID: 1R4L)结合的结构,我们进行了giga对接实验,以识别潜在的抑制ACE2的先导物。在这个实验中,我们筛选了Enamine REAL化合物库,这是一个包含约14亿个易于合成的分子的数据库。Enamine REAL收集物已成功用于对接实验,以识别各种靶标中的新化学物质。识别潜在ACE2抑制剂的对接计算利用了OpenEye的云原生分子设计平台,猎户座,搜索14亿个分子的约2660亿个构象,并在3天内使用50000个CPU亚马逊网络服务.

作为对广大科学界的一项服务,并帮助防治这一流行病,我们正在免费提供研究结果。此外,我们正在寻求与研究人员联系,以合作进一步检测COVID-19蛋白靶点和分子。

请发电子邮件info@eyesopen.com获取详细信息。

可供公众使用的数据:

命中列表、分数和烯胺化合物ID

为对接准备的1R4L蛋白质晶体结构

这项工作得到了Amazon Web Services的慷慨资助。

参考文献

1.https://coronavirus.jhu.edu/map.html

2.与ACE2受体结合的SARS-CoV-2尖峰受体结合域的结构。兰,J.,葛,J.,于,J.,山,S.,周,H.,范,S.,张,Q.,史,X.,王,Q.,张,L.,王,X.(2020)自然581:215-220。

3.. 利用人类ACE2进入SARS-CoV-2的结构和功能基础。王,Q.,张,Y.,吴,L.,牛,S.,宋,C.,张,Z.,陆,G.,乔,C.,胡,Y.,袁,K.Y.,王,Q.,周,H.,燕,J.,齐,J.(2020)第181单元:894–904。

4.ACE2 X射线结构揭示了对抑制剂结合和催化非常重要的大铰链弯曲运动。Towler,P.,Staker,B.,Prasad,S.G.,Menon,S.,Tang,J.,Parsons,T.,Ryan,D.,Fisher,M.,Williams,D.,Dales,N.A.,Patane,M.A.,Pantoliano,M.W.(2004)生物化学杂志279:17996-18007。

最近的博客文章

占位符

以字节速度搜索:加速相似度和子结构搜索

阅读更多
占位符

OpenEye发布额外的千兆级虚拟筛查新冠病毒-19数据供公众使用

阅读更多
占位符

OpenEye部署Orion分子设计平台来寻找新冠病毒-19疗法;免费提供结果

阅读更多
Baidu