OpenEye发布额外的超大规模COVID-19虚拟筛查数据供公众使用

发布的 188金宝慱官网送1882020年5月28日上午10:33:02

ACE2博客may2020

我们对接研究中前四名得分的ACE2。这四个化合物是从Enamine REAL文库中筛选出的约14亿个可合成化合物。的这个对接研究的前10,000个点击量可以免费下载。

简介:为了帮助寻找COVID-19的潜在疗法,OpenEye已经完成了多项大规模计算研究。第一个数据集于4月27日发布(//www.soha-it.com/blog/openeye-deploys-the-orion-molecular-design-platform-to-find-covid-19-therapeutics).在这里,我们发表了第二组这样的结果,并让他们免费提供,以推进对治疗的研究。

COVID-19是一种由新型冠状病毒SARS-CoV-2引起的流行性疾病。这种疾病会引起发烧、严重的呼吸道疾病,在某些情况下还会引起肺炎。截至2020年5月27日,COVID-19已在全球造成351,815人死亡1

SARS-CoV-2病毒通过其刺突蛋白附着在宿主细胞的血管紧张素转换酶2 (ACE2)上进入宿主细胞。ACE2与SARS-CoV-2病毒刺突蛋白结合的结构(PDB id: 6M0J和6LZG)2,3表明一种蛋白质-蛋白质表面可以促进穗状附着在ACE2上。检测apo中的ACE2结构安排(PDB ID: 1R42)4与抑制剂结合(PDB ID: 1R4L)4态在配体结合时显示出很大的构象变化。具体来说,在结合刺突蛋白的ACE2区域有一个显著的结构重排。这表明,与ACE2结合的配体可能会破坏病毒进入宿主细胞所需的蛋白-蛋白表面。因此,ACE2抑制可能是治疗COVID-19的一个机会。

在Op188金宝慱官网送188enEye Scientific,我们寻求利用我们的专业知识、分子建模工具和猎户座分子设计平台,为COVID-19的潜在治疗寻找先导。我们采用了千兆级的分子对接研究,利用目标蛋白的三维结构来识别大型类药物分子库(超过10亿个)中的先导化合物。

利用ACE2与实验性药物化合物MLN-4760 (PDB ID: 1R4L)结合的结构,我们进行了giga对接实验,以识别潜在的抑制ACE2的先导物。在这个实验中,我们筛选了Enamine REAL化合物库,这是一个包含约14亿个易于合成的分子的数据库。Enamine REAL收集物已成功用于对接实验,以识别各种靶标中的新化学物质。识别潜在ACE2抑制剂的对接计算利用了OpenEye的云原生分子设计平台,猎户座搜索14亿个分子的2660亿个构象,在3天内使用了50,000个cpu亚马逊网络服务

作为对广大科学界的一项服务,并帮助防治这一流行病,我们正在免费提供研究结果。此外,我们正在寻求与研究人员联系,以合作进一步检测COVID-19蛋白靶点和分子。

请电子邮件info@eyesopen.com获取详细信息。

可供公众使用的资料:

暗杀名单,分数和Enamine化合物id

1R4L蛋白晶体结构准备对接

这项工作得到了Amazon Web Services的慷慨资助。

参考文献

1.https://coronavirus.jhu.edu/map.html

2.SARS-CoV-2尖峰受体结合区域的结构与ACE2受体结合。(2020)自然科学581:215-220 . (sci)

3..利用人ACE2输入SARS-CoV-2的结构和功能基础Wang, Q., Zhang, Y., Wu, L., Niu, S., Song, C., Zhang, Z., Lu, G., Qiao, C., Hu, Y., Yuen, k ., Wang, Q., Zhou, H., Yan, J., Qi, J. (2020) Cell 181: 894-904。

4.ACE2的x射线结构揭示了一个大的铰链弯曲运动,这对抑制剂结合和催化很重要。Towler, P., Staker, B., Prasad, S.G., Menon, S., Tang, J., Parsons, T., Ryan, D., Fisher, M., Williams, D., Dales, n.a., Patane, m.a., Pantoliano, M.W. (2004) J Biol Chem 279: 17996-18007。

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