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字母™TK

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分子标注:(a)显示原子部分电荷(b)标注可旋转键

分子标注:(a)显示原子部分电荷(b)标注可旋转键。

图2用原子注释显示配体(MOA)的b因子,并将相邻受体原子的b因子平均投影到二维分子表面(复合物1meh)。图3将总OEXLogP中每个原子的贡献投影到一个2D属性图中
图2利用原子注释可视化配体(MOA)的b因子,并将相邻受体原子的b因子平均投影到二维分子表面(复合物1meh)。
图3将OEXLogP中每个原子的贡献投影到一个2D属性图中。
生成2D描述(a)默认2D布局,(b) 3D构象,(c)由3D构象驱动的2D布局
生成2D描述(a)默认2D布局,(b) 3D构象,(c)由3D构象驱动的2D布局。
VIDA中2w3a复合物的例子(a) (b)该复合物的二维描述,其中分子表面是基于配体与周围蛋白质之间的可接近表面的距离进行注释的。

VIDA中2w3a复合物的例子(a) (b)该复合物的二维描述,其中分子表面是基于配体与周围蛋白质之间的可接近表面的距离进行注释的。

Cheminformatics

Cheminformatics工具包提供了所有OpenEye应用程序和其余工具包构建的核心基础。化学信息学套件是七个独立但相互依赖的工具包的集合,如下表所述。

工具包 主要功能
FastROCS TK 实时形状相似度用于虚拟筛选,引导跳跃和形状聚类
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDepict TK 二维分子渲染和描绘
字母™TK 先进的分子渲染和报告生成
GraphSim TK 二维分子相似性(例如指纹)
Lexichem TK 名字到结构,结构到名字,外语翻译
MolProp TK 分子性质计算及过滤
Quacpac TK 互变子枚举和电荷分配
MedChem TK 匹配分子对分析、碎片实用程序和分子复杂性度量

建模

建模工具包套件提供了OpenEye定义原则的核心功能形状静电学是确定分子间相互作用的两个基本描述符。Modeling套件中的许多工具包直接与特定的OpenEye应用程序相关联,因此可以用于创建新的或扩展与这些应用程序相关联的现有功能。

工具包 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDocking TK 分子对接与评分
ωTK 构象异构体代
TK形状 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
云杉 蛋白质制备与建模
Szybki TK 带参数的通用优化MMFF94
Szmap TK 理解水在结合位点中的相互作用
Zap-TK 计算Poisson-Boltzmann静电势
Baidu