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GraphSim TK

GraphSim TK

在药物设计的各个步骤中,测量分子的相似性和多样性起着重要的作用。分子相似度计算在虚拟筛选、性质预测、合成设计和化学数据库聚类等方面有着广泛的应用。

指纹学提供了分子图的基本编码方法。尽管指纹只能代表局部结构特征,而不能代表它们在分子中的相对位置,但它在一系列相似性和多样性研究中被证明是非常成功的。

GraphSim TK提供五种不同的指纹类型来执行二维分子相似性测量:

  • 路径
  • 循环[1]
  • MACCS关键[2]
  • 术语[3]

一个路径指纹通过详尽地枚举分子图中达到给定大小的所有线性片段,并将这些片段哈希成一个固定长度的二向量来生成。

树指纹提供了一种新的方法来编码无法被路径或循环方法捕获的分子基序。这包括详尽地列举分子图的所有独特树。

新奇的GraphSim TK指纹生成为用户提供了完全的控制权来指定枚举路径的大小,以及在将路径、循环或树片段编码为位向量时使用的原子和键属性。

使用两个发布的基准进行参数化和验证的指纹方法:

  • Briem-Lessel[4](5个活动类_小套诱饵)
  • Hert- Willet[5](11个活性类+完整的MDDR作为一组非活性化合物)

测量分子的相似或不同有两个基本组成部分:

  • 分子特征(如指纹)的表征
  • 相似性系数,用来量化相似性的程度
    在两个这样的表示之间。

GraphSim TK支持几个内置的相似系数(余弦,骰子,欧几里得,曼哈顿,谷本,特沃斯基),用户定义的相似性度量也可用。

除了生成和存储指纹,GraphSim TK还提供了一个指纹数据库,旨在利用任何内置或用户定义的相似性度量来执行快速内存指纹搜索。

GraphSim TK还提供访问基于给定指纹类型的两个分子之间发现的共同碎片。

这些数据可以用来可视化基于指纹的两个分子的相似性。指纹重叠,在二维中描述,提供了洞察分子的相似性超越一个单一的数字分数,并揭示了潜在的指纹方法的信息。

查阅更详细的资料GraphSim TK,请参阅以下连结:


文档 > 评估
列举路径片段

列举路径片段

列举循环片段

列举循环片段

枚举树片段

枚举树片段

graphsim-fp-overlap.png

二维分子相似性的描述

Cheminformatics

Cheminformatics工具包提供了所有OpenEye应用程序和其余工具包构建的核心基础。化学信息学套件是七个独立但相互依赖的工具包的集合,如下表所述。

工具包 主要功能
FastROCS TK 实时形状相似度用于虚拟筛选,引导跳跃和形状聚类
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDepict TK 二维分子渲染和描绘
字母™TK 先进的分子渲染和报告生成
GraphSim TK 二维分子相似性(例如指纹)
Lexichem TK 名字到结构,结构到名字,外语翻译
MolProp TK 分子性质计算及过滤
Quacpac TK 互变子枚举和电荷分配
MedChem TK 匹配分子对分析,碎片实用程序,和分子复杂性度量

建模

工具包的Modeling套件提供了OpenEye定义原则下的核心功能形状静电学是确定分子间相互作用的两个基本描述符。Modeling套件中的许多工具包直接与特定的OpenEye应用程序相关联,因此可以用于创建新的或扩展与这些应用程序相关联的现有功能。

工具包 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDocking TK 分子对接与评分
ωTK 构象异构体代
TK形状 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
云杉TK 蛋白质制备与建模
Szybki TK 通用优化MMFF94
Szmap TK 理解水在结合位点中的相互作用
Zap TK 计算Poisson-Boltzmann静电势

参考文献

  1. Extended-Connectivity指纹D.罗杰斯,M.哈恩。j .化学。正无穷。模型。201050(5) 742 - 754。
  2. 用于药物发现的MDL键的再优化J. L.杜兰特,B. A.利兰,D. R.亨利,J. G.诺斯。j .化学。正无穷。第一版。科学。200242(6) 1273 - 1280。
  3. LINGO,一种高效的基于全息文本计算生物物理性质和分子间相似性的方法D. Vidal, M. Thormann, M. Pons。j .化学。正无穷。模型。200545,(2) 386 - 393。
  4. 在体外和硅亲和指纹:寻找结构类以外的相似之处莱塞尔(U. F. Lessel)。药物发现和设计的展望200420., 231 - 244。
  5. 基于指纹的多种生物活性参考结构虚拟筛选方法的比较, J. Hert, P. Willett, D. J. Wilton。j .化学。正无穷。第一版。科学。200444,(3) 1177 - 1185。
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