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有效设计有效和选择性分子需要使用多种技术和方法。OpenEye提供188BET有苹果版吗基于“前沿科学”的铅优化188金宝账号上不去怎么回事问题。

姿势预测

假定

蛋白质结合部位的准确、可靠姿势。使用假定返回的姿势不仅被评分,而且被标注为姿势正确的置信度或概率。这使得基于POSIT预测的资源应用(分析、合成、购买)更加明智。

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在缺乏蛋白质结构的情况下,ROCS以高精度SURBOCS模式提供了分子排列和姿势的有用预测。在标准、高通量模式下,subROCS对相互对准的详尽探索提供了比ROC更精确的对准。

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基于骨架迁越

通过两种方式发现新的分子类别:

伊恩

利用形状和静电相似性进行全分子替换。物理上真实的静电势比较允许识别与现有已知活性物质具有实质性不同结构的生物活性分子。

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育雏

片段替换。ROCS和EON中用于全分子比较的形状和静电相似性的精确估计同样用于对候选片段进行评分和排序,以替换生物活性分子的选定部分(核心或侧链)。育儿还可以提出连接小分子和环化的片段假说。

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亲和力优化

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基于水能量学的效价优化假设。Gameplan对靠近配体的蛋白质结合位点上的水的能量进行快速但物理上严格的计算,该位点可通过对该配体的简单化学修饰来访问。这为操作分子支架或添加/扩展该支架提供了易于解释的建议,以通过理解焓和熵对水稳定性的贡献来提高结合亲和力。

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姿势稳定性

自由形式

对分子构象自由能的快速而可靠的估计。理解分子计算姿势或构象的稳定性是两个重要问题的核心;姿势重新评分并比较构象灵活性降低的假设。Freeform计算焓和熵对姿势稳定性的贡献,从而提供关于刚性化或环化对铅分子结合亲和力影响的可测试假设。

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图1:自由形式可用于回答刚性化或周期化假设的可行性问题;合成环状或刚性类似物所需的化学努力是否可能导致效力增加?
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