FastROCS TK

FastROCS TK

基于实时形状相似度的虚拟筛选、铅跳和形状聚类

尽管188app彩票 是一个快速的基于形状的评分工具,能够处理多达100个分子每CPU秒,有一些重要的任务不能在这个速度下解决,包括搜索数十亿化合物的虚拟库或按形状聚类数以百万计的分子。同样,在这种速度下,形状相似性也不是交互式任务。为了实现这两个新应用,我们最近移植了形状相似技术188app彩票 GPU;这个工具叫做FastROCS。从图1中可以看出GPU技术应用于形状搜索的影响;从CPU到GPU的速度增长超过3个数量级。从2011年到2016年,商用GPU单元的性能持续提高,速度增长了400%以上,预计这种速度的提高将持续一段时间,导致FastROCS在比例上比传统CPU版本更快。

FastROCS现在以迄今为止只能通过指纹等更近似的2D方法实现的速度进行形状搜索,允许在交互时间(10秒或更少)内在包含数百万分子的大型数据库上进行更真实的形状相似计算。

请注意,FastROCS既可以以工具包形式提供,也可以以基于web的图形用户界面提供。有关FastROCS TK的更详细信息,请点击下面的文档链接(请确保选择您的编程语言,然后从左侧列表中选择“FastROCS Toolkit”)或联系我们进行评估。


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图1:在GPU上搜索形状的加速。

图1:在GPU上搜索形状的加速。

说明FastROCS的启用能力

图2:最近的Fastocs支持力量来自Boehringer-Ingelheim(BI)及其专有的虚拟化学数据库,约为1 * 10 ^ 9分子,Biclibly。BI使用Rocs在一段时间内搜索Biclim,取得了重大成功。1然而,搜索是资源密集型(需要超过11个CPU岁,或者在2000 CPU集群上左右2天,以完成)需要大量的硬件投资,以确保搜索在合理的时间内完成。使用FastOCs执行相同的搜索只需要大约5 GPU天(见图2),允许它们在一天内在单个4个GPU机器上执行。

特性

  • 每秒处理数百万个构象
  • 根据与查询匹配的3D形状的质量返回覆盖
  • 当在标准可视化工具(如VIDA)中查看时,覆盖是直观的和视觉信息丰富的。
  • 可用作基于XML-RPC的web服务
  • 可以在VIDA中直接启动工作,并查看后续结果
  • 报告严格的Tanimoto测量形状之间

硬件

OpenEye可以帮助获取预装的硬件,使用Fastocs。我们与Exace紧密合作,为最高级别的绩效提供调整机器。这里有多种硬件可供选择。请随时联系sales@eyesopen.com为更多的信息。

参考

  1. 一种快速比较分子形状的方法:分子形状的高斯描述的简单应用格兰特,j。a。盖拉多,硕士,皮卡,B。j . Comp。化学。1996171653年。
  2. 基于形状的三维支架跳跃方法及其在细菌蛋白-蛋白相互作用中的应用拉什,t.s.,格兰特,j.a.,莫斯亚克,L,尼科尔斯,A,J.Med。化学。200548, 1489年。
  3. 形状匹配与对接作为虚拟筛选工具的比较霍金斯警局,斯基尔曼警局,总检察长,尼科尔斯警局,J.Med。化学。200750, 74年。
  4. 利用分子相互作用指纹图谱评价支架跳跃效率文霍斯特,努涅斯,S.,特普斯特拉,J. w .,克鲁斯,C.G.J.Med。化学。200851, 3222年。
  5. 多种蛋白质结构和多种配体:对虚拟筛选结果的表观良度的影响r.p., mcgauhey, g.b., Cornell, w.d.,j .第一版。辅助摩尔,Des。200822, 257年。
  6. 分子识别课程。2.评估和提高交叉对接的准确性Sutherland,J.J.,Nandigam,R.K.,Erickson,J.A.,Vieth,M。J. Chem。,INF。模型200747, 2293年。
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