FastROCS TK

FastROCS TK

虚拟筛选、潜在客户跳转和形状聚类的实时形状相似性

虽然188app彩票 是一种基于形状评分的快速工具,每CPU每秒可处理多达100个分子,有一些重要任务无法以这种速度解决,包括搜索数十亿化合物的虚拟库或按形状聚集数百万个分子。同样在这种速度下,形状相似性不是一项交互式任务。为了实现这两个新应用,我们最近移植了形状相似性技术188app彩票 到GPU;此工具称为FastROCS。GPU技术应用于形状搜索的影响从图1中可以立即看出;从CPU到GPU的速度增长超过3个数量级。商品GPU单元的能力不断提高,从2011年到2016年,速度提高了400%以上,预计这种提高速度将持续一段时间,导致FastROC在比例上甚至比传统CPU版本更快。

FastROCS现在以迄今为止仅通过更近似的2D方法(如指纹)实现的速度执行形状搜索,允许在交互式时间(10秒或更短)内对数百万个分子的大型数据库执行更真实的形状相似性计算。

请注意,FastROCS既可以以工具包的形式提供,也可以作为基于web的图形用户界面提供。有关FastROCS TK的更多详细信息,请单击下面的文档链接(请确保选择您的编程语言,然后从左侧列表中选择“FastROCS Toolkit”),或联系我们进行评估。


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图1:GPU上形状搜索的加速。

图1:GPU上形状搜索的加速。

FastROCS的启用功能说明

图2:FastROCS的最新功能说明来自勃林格·英格尔海姆(BI)及其拥有约1*10^9个分子的专有虚拟化学数据库BICLAIM。BI使用ROC搜索BICLAIM已有一段时间,并取得了重大成功。1.但是,搜索是资源密集型的(需要超过11个CPU年,或在2000 CPU集群上需要大约2天才能完成),需要大量硬件投资,以确保搜索在合理的时间内完成。使用FastROCS执行相同的搜索只需要5天左右的GPU时间(见图2),这样就可以在一天内在一台4 GPU机器上执行搜索。

特征

  • 每秒处理数百万个构象
  • 根据查询的三维形状匹配质量返回覆盖
  • 在标准可视化工具(如VIDA)中查看时,覆盖图直观且视觉信息丰富
  • 作为基于XML-RPC的web服务提供
  • 可以在VIDA中直接启动作业并查看后续结果
  • 报告了严格的Tanimoto测量形状之间的距离

硬件

OpenEye可以帮助获取预装有FastROCS的硬件。我们与Exxact密切合作,提供经过优化的机器,以实现最高级别的性能。这里有多种硬件可供选择。请随时联系我们sales@eyesopen.com了解更多信息。

工具书类

  1. 分子形状比较的一种快速方法:分子形状高斯描述的简单应用格兰特,J.A.,加拉多,M.A.,皮卡,B。,J.公司。化学。,1996,17, 1653.
  2. 基于形状的三维支架跳跃方法及其在细菌蛋白质相互作用中的应用拉什,T.S.,格兰特,J.A.,莫斯亚克,L.,尼科尔斯,A。,医学博士。化学。,2005,48, 1489.
  3. 形状匹配和对接作为虚拟筛选工具的比较霍金斯,P.C.D.,斯基尔曼,A.G.,尼科尔斯,A。,医学博士。化学。,2007,50, 74.
  4. 利用分子相互作用指纹图评价支架跳跃效率文霍斯特,J.,努内斯,S.,特普斯特拉,J.W.,克鲁斯,C.G。,医学博士。化学。,2008,51, 3222.
  5. 多蛋白质结构和多配体:对虚拟筛选结果表观优度的影响Sheridan,R.P.,McGaughey,G.B.,康奈尔,W.D。,J.计算机。德斯莫尔。,2008,22, 257.
  6. 分子识别课程。2.评估和提高交叉对接精度萨瑟兰,J.J.,南迪加姆,R.K.,埃里克森,J.A.,维思,M。J.化学,Inf.模型,2007,47, 2293.
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