猎户座的相对束缚自由能®-快速,准确,可扩展


188金宝账号上不去怎么回事猎户座中的先导优化®非平衡开关的相对束缚自由能

当优化引线,您现在可以执行RBFE-NES计算直接在易于使用猎户座®分子设计环境。

基于可信的科学,猎户座RBFE-NES工具帮助您估计自由能结合亲和力的基础上计算热力学工作沿着快速,非平衡的炼金术路径。

像所有的猎户座®188BET有苹果版吗在解决方案中,RBFE-NES工具是为在Amazon Web Services (AWS)上运行而构建的,因此它们可以无缝地扩展到您的需求,同时保持成本和时间效率。

Non-Equilibrium_Switching_NES

从平衡分子动力学(MD)运行的快照被选择作为初始条件来运行非平衡开关(NES)计算。在图中,配体A在溶液中(未结合态)快速地通过炼金术突变为配体B(反之亦然)。这个过程在猎户座是高度平行的,并给你的目标配体复合物最快和最经济的相对结合自由能计算。

信任科学

  • 证明:RBFE-NES工具猎户座®改编自马克斯·普朗克生物物理化学研究所Bert L. DeGroot实验室Vytautas Gapsys完成的NES工作(Gapsys等,Chem。中国科学(d辑):地球科学(d辑),2012,32 (6):741 - 746).该方法在猎户座®包括系统预平衡和嵌合分子计算的专有OpenEye方法。
  • 可平行的:OpenEye RBFE-NES方法通过中间状态快速转换,并对许多短轨迹进行采样,使其具有显著的并行性。
  • 测试:该方法已经在几个靶点上进行了测试,包括CDK2, PTP1B, Jnk1, p38,凝血酶,MCL1, Bace, Hunt13和Tyk2。行业标准Open Force Field和GROMACS在方法学中可用。
  • 准确:使用Kandall的tau测量,OpenEye的方法与来自GAPSYS(2020)和FEP (JACS 15)数据集的文献中的RBFE基准具有相当的准确性。此外,与实验方法相比,基于稳健线性网元的模型在综合性能上没有显著差异。

易用性

  • 直观:标准的猎户座®图形工作流引擎Floe用于设置RBFE-NES计算,让您快速地在熟悉的环境中运行。
  • 熟悉:RBFE-NES的系统设置和端点平衡几乎是相同的猎户座®用户习惯了短轨迹分子动力学。
  • 独特:与其他方法不同的是,在执行NES之前,可以对系统设置和端点平衡进行快速评估。
  • 集成:容易结合其他配体和结构为基础的方法猎户座®与您的相对束缚自由能NES计算,以建立您的药物发现建模需求的最佳过程。

可伸缩的和有效的

  • 基于云计算的:猎户座®通过利用AWS高性能计算,帮助您高效地并行运行数千个快速NES计算。您不再受时间或硬件资源的限制。
  • 灵活:猎户座的专有调度器自动计算出如何通过利用可用的AWS spot实例获得更多gpu。
  • 高效:虽然成本和时间各不相同,但测试用例显示,在几个小时内,您只需几百美元就可以运行数千个NES。NES是一种非常划算的免费云本地能量计算方法。
  • 容错:自动伸缩组和动态分配意味着计算将一直运行到完成,即使AWS现场实例很稀疏。

阅读更多关于猎户座RBFE-NES背后的科学知识

观看OpenEye关于猎户座RBFE-NES方法的网络研讨会演示

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