工具包开发平台

Oechem TK.

Oechem TK.

化学和化学信息学的编程库

Oechem TK.是化学和化学的编程库化学信息学这是快速灵活的。Oechem TK有许多简单而强大的功能处理使用小分子的详细信息以及扩大用于处理蛋白质的功能次数。高级功能提供简单而低级功能提供灵活性。

Oechem TK还包括两个旨在处理大分子(OEBIO)和网格(oesegrid)的子图书馆。

OEBIO的主要特点:

    • 蛋白质残留,初级,二次和三级结构等级感知
    • 水晶对称处理
    • 序列对齐
    • 扭转管理,转子库和替代构象
OEGrid的主要特点:
    • 支持以下网格文件格式:掌握,GRD(OpenEye二进制格式),CCP4,XPLOR

有关更多详细信息Oechem TK., 检查下方的链接:


文件>评估

Oechem TK包含主软件提供商使用的化学模型。

Oechem TK包含主软件提供商使用的化学模型。

文件格式
Openeye的二进制文件 是的 是的
mdl mol. 是的 是的
MDL SD 是的 是的
MDL RDF. 是的 没有
蛋白质数据库PDB. 是的 是的
Tripos sybyl mol2. 是的 是的
规范笑容 是的 是的
规范化异构微笑 是的 是的
英寸 没有 是的
inchikey. 没有 是的
Fasta蛋白质序列 是的 是的
Macromodel. 是的 是的
XMol XYZ 是的 是的
强大的多种化学感知的一个优点是数据完整性:Oechem TK能够浏览文件格式,没有信息丢失。上表显示了Oechem支持的常见分子文件格式。

特征

  • 容易管理分子,原子,键和符合子
  • 构象和参考框架坐标变换
  • 最大常见子结构
  • 基于SMARTS或MDL查询的子结构搜索
  • 具有多种模型的芳香性的感知
  • 化学反应解析和加工
  • 基于SMIRK或MDL反应的图书馆一代
  • 四面体和E / Z立体化学认可
  • CIP原子和债券立体声感知
  • 戒指感知和kekulization
  • 分子典可化
  • 多功能器分子处理
  • 能够在分子,原子,粘合剂或符合子上存储和回忆泛型基元或用户定义的对象

化学信息学

ChemInformatics套件的工具包提供了核心基础,其中构建了所有Openeye应用程序和剩余的工具包。ChemInformatics Suite是七个单独的又相互依存的工具包的集合,如下表所述。

工具包 主要功能
Fastrocs tk. 虚拟筛选的实时形状相似性,引导跳跃和形状聚类
Oechem TK. 核心化学处理和表示以及分子文件I / O.
oedepict tk. 2D分子渲染和描述
grapheme™TK. 先进的分子渲染和报告生成
graphsim tk. 二维分子相似性(例如指纹)
lexichem tk. 名称到结构,结构到名称,外语翻译
Medchem TK. 匹配的分子对分析,碎片公用事业和分子复杂度度量
Molprop TK. 分子特性计算和过滤
QUACPAC TK. 互变子枚举和电荷分配


造型

工具包的Modeling套件提供了OpenEye定义原则下的核心功能形状静电是确定分子间相互作用的两个基本描述符。建模套件中的许多工具包与特定的OpenEye应用程序直接关联,因此可以用于创建新的或扩展与这些应用程序相关的现有功能。

工具包 主要功能
Oechem TK. 核心化学处理和表示以及分子文件I / O.
OEDOCKING TK. 分子对接与评分
欧米茄TK. 适合者生成
形状tk. 3D形状描述,优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操纵和审讯
Spicoli TK 表面生成,操纵和审讯
云杉TK 蛋白质制备和建模
Szybki TK. 通用优化mmff94
szmap tk. 了解绑定站点中的水相互作用
zap tk. 计算Poisson-Boltzmann.静电潜力

参考文献

  1. 通过使用分子相互作用指纹优化片段和脚手架对接吉尔·马尔库,迪迪埃·罗南。J.Chem。INF。模型。2007年47(1),195-207。
  2. 数据库聚类,具有指纹和最大常见子结构方法的组合马丁斯蒂尔,哈拉尔德·梅苏尔。J.Chem。INF。模型。2005年45 (3)542-548。
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