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OEChem TK

OEChem TK

化学和化学信息学程序库

OEChem TK是一个化学和编程库吗cheminformatics这是快速和灵活的。OEChem TK具有许多简单而强大的功能处理小分子的工作细节,以及越来越多的处理蛋白质的功能。高级功能提供简单而低级功能提供的灵活性。

OEChem TK还包括两个用于处理大分子(OEBio)和网格(OEGrid)的子库。

OEBio的主要特点:

    • 蛋白质残基,由一级、二级和三级结构层次感知
    • 晶体对称处理
    • 序列比对
    • 扭力、旋转器库和交替构象的管理
OEGrid的主要特点:
    • 支持以下网格文件格式:Grasp、GRD (OpenEye二进制格式)、CCP4、XPLOR

查阅更详细的资料OEChem TK,请参阅以下连结:


文档>评估

OEChem TK整合了主要软件供应商使用的化学模型。

OEChem TK整合了主要软件供应商使用的化学模型。

文件格式
OpenEye的二进制 是的 是的
MDL摩尔 是的 是的
MDL SD 是的 是的
MDL RDF 是的 没有
蛋白质数据库PDB 是的 是的
考试Sybyl mol2 是的 是的
规范的微笑 是的 是的
规范化异构微笑 是的 是的
InChi 没有 是的
InChiKey 没有 是的
FASTA蛋白质序列 是的 是的
宏模型 是的 是的
XMol XYZ 是的 是的
健壮的多化学感知的一个优势是数据完整性:OEChem TK能够在不丢失信息的情况下浏览文件格式。上表显示了OEChem支持的常见分子文件格式。

特性

  • 对分子、原子、键和构象的简单管理
  • 构象和参考系坐标变换
  • 最大公共子结构
  • 基于SMARTS或MDL查询的子结构搜索
  • 用多种模型感知芳香性
  • 化学反应、解析和处理
  • 基于SMIRKS或MDL反应的库生成
  • 四面体和E/Z立体化学识别
  • CIP原子和键立体感知
  • 环感知和凯库利化
  • 分子规范化
  • Multiconformer分子处理
  • 能够存储和回忆分子、原子、键或构象上的通用原语或用户定义的对象

Cheminformatics

Cheminformatics工具包提供了所有OpenEye应用程序和其余工具包构建的核心基础。化学信息学套件是七个独立但相互依赖的工具包的集合,如下表所述。

工具包 主要功能
FastROCS TK 实时形状相似度用于虚拟筛选,引导跳跃和形状聚类
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDepict TK 二维分子渲染和描绘
字母™TK 先进的分子渲染和报告生成
GraphSim TK 二维分子相似性(例如指纹)
Lexichem TK 名字到结构,结构到名字,外语翻译
MedChem TK 匹配分子对分析,碎片实用程序,和分子复杂性度量
MolProp TK 分子性质计算及过滤
Quacpac TK 互变子枚举和电荷分配


建模

工具包的Modeling套件提供了OpenEye定义原则下的核心功能形状静电学是确定分子间相互作用的两个基本描述符。Modeling套件中的许多工具包直接与特定的OpenEye应用程序相关联,因此可以用于创建新的或扩展与这些应用程序相关联的现有功能。

工具包 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDocking TK 分子对接与评分
ωTK 构象异构体代
TK形状 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
云杉TK 蛋白质制备与建模
Szybki TK 通用优化MMFF94
Szmap TK 理解水在结合位点中的相互作用
Zap TK 计算Poisson-Boltzmann静电势

参考文献

  1. 利用分子相互作用指纹图谱优化片段和支架对接吉尔·马尔库,迪迪埃·罗南。j .化学。正无穷。模型。200747 (1), 195 - 207。
  2. 结合指纹和最大公共子结构方法的数据库聚类马丁·斯塔尔,哈拉尔德·毛泽。j .化学。正无穷。模型。200545 (3), 542 - 548。
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