OEDocking

OEDocking

OEDocking是一套经过良好验证的分子对接工具和工作流程,每一个都专门设计来解决其自身独特的蛋白质-配体相互作用方面。具体来说,它的特点是POSIT用于知情的姿势预测,以及FRED和HYBRID作为虚拟筛查的补充工具。

OEDocking中提供的大部分功能也可以通过OEDocking TK

提出了预测
POSIT -配体引导的位姿预测

POSIT利用来自结合配体的信息来改进位姿预测。结合OpenEye的方法,包括结构生成、形状对齐和灵活拟合,将感兴趣的配体与结合配体进行比较,其相似之处指导了应用算法的性质,并产生了一个 精度估计。该可靠性指标同时采用二维和三维相似性测度,在业界尚属首创。

此外,当从晶体学系列中选择配体-受体复合物时,POSIT将自动确定哪一个最适合指导新的配体对接。这种“最佳猜测”结构的性能与依次使用每个结构的性能非常接近回顾选择最好的结果!然而,由于实际上只使用了一种结构,因此可以节省大量的计算工作,从而显著提高性能。

虚拟筛选
快速穷举对接

在给定但实际的分辨率范围内,FRED对所有可能的蛋白质配体姿势进行系统和非随机检查,筛选形状互补性和化学特征对齐,然后使用Chemgauss4评分函数选择和优化姿势[1,2,3,4]。它带有一个强大的GUI,用于准备活动站点和添加自定义约束。它还提供了详细的评分分析,使用我们的 字母工具包(见右)。在最近的出版物中,布鲁斯使用FRED发现了一种有效的2.7nM BChE抑制剂,一种阿尔茨海默病的靶标[5]。作者将FRED描述为“到目前为止最快的对接工具,因此特别适合超高吞吐量对接(>1百万化合物)”。

混合动力
配体引导对接

HYBRID使用结合的配体信息来提高虚拟筛选性能,例如POSIT改进了构成HYBRID提高了富集。像FRED一样,HYBRID对蛋白质活性位点内的位姿进行系统的、详尽的、非随机的检查;然而,HYBRID基于对已知结合配体的形状和化学互补性减少了搜索空间。与大多数对接程序相比,这种配体引导的对接可以提供相当于或更好的富集[1,2]。

有关OEDocking的更多详细信息,请查看以下链接:

文档 > 评估
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特性

  • 快速虚拟筛选程序
  • POSIT -高质量的结构再现
  • 可以利用多重晶体蛋白结构吗
  • 能否利用配体的晶体结构来引导对接
  • 比竞争软件快5-100倍

工具书类

  1. FRED姿势预测和虚拟筛选精度,M.McGann,j .化学。正无穷。模型。201151 (3), 578 - 596
  2. 标准化数据集上的FRED和混合对接性能先生,麦克甘j . Comp.-Aid。摩尔。设计201226 (8), 897 - 906
  3. 虚拟筛选中拓扑、形状和对接方法的比较C. C. Culberson, C. Kreatsolas, S. Lindsley, V. Maiorov, j - f。Truchon和W.D.康奈尔,j .化学。正无穷。模型。200747 (4), 1504 - 1519
  4. 高斯对接函数,M.R.McGann,H.R.Almond,A.Nicholls,J.A.Grant和F.K.Brown,生物聚合物200368 (1), 76 - 90
  5. 一种新型纳米选择性丁酰胆碱酯酶抑制剂的发现、生物评价和晶体结构,B.Brus,U.Kosak,S.Turk,A.Pislar,N.Coquelle,J.Kos,J.Stojan,J.Colletier,S.Gobec,j .地中海。化学2014
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