数据库准备

ω

ω

包含生物活性构象的构象集合

ω被设计用于计算机辅助药物设计所需的大型图书馆。它生成multi-conformer结构数据库速度快,可靠性高。

OMEGA对类药物分子进行快速构象膨胀,产生的吞吐量为每天成千上万的化合物每个处理器。

OMEGA是非常有效的繁殖生物活性构象[1,2 ],并在大型复合数据库[3]上使用时提供了速度和性能之间的最佳平衡。

OMEGA构象数据库可用于各种应用程序的输入,包括对接引擎(弗雷德)、形状比较工具(188app彩票 )和药效基因感知算法。

ω的基于知识的方法生产高质量的构象,优于其他许多方法[4]。它也被发现是最快的商业可得到的同质发生器[5]。

有关欧米茄的详细资料,请浏览以下连结:


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OMEGA从PDB中复制出一个RMSD < 0.75埃的高质量配体结构。

特性

  • 非常快速(1-2秒/分子),系统和基于规则的构象搜索
  • 使用距离边界方法从1D或2D转换为3D
  • 基于RMS距离和应变能的不同集成选择
  • 用户可配置搜索解决方案
  • 结构特征的自动叠加
  • 类药物分子固态结构的出色再现
  • 通过MPI为所有支持的平台进行分布式处理

参考文献

  1. 用OMEGA生成构象:使用来自蛋白质数据库和剑桥结构数据库的高质量结构的算法和验证霍金斯,P.C.D。斯基尔曼,A.G。沃伦,基准线埃林森,文学士学位和斯特尔M.T。j .化学。正,模型。201050, 572 - 584。
  2. 欧米茄共形生成:从数据集学习和故障分析霍金斯,p.c.d.,尼科尔斯,a.n.,j .化学。正,模型。201252, 2919 - 2936。
  3. 类药物分子与蛋白质结合的构象分析:结合后配体重组的广泛研究佩罗拉和查利夫森,j .地中海,化学。200447, 2499 - 2510。
  4. 蛋白质结合配体构象的高质量数据集及其在构象集合生成器基准测试中的应用、弗里德里希·N.-O。,Meyder, A., de Bruyn Kops, C., Sommer, K., Fachsenberg, F., Rarey, M., Kirchmair, J.j .化学。正无穷。模型。201757, 529 - 539。
  5. 对同形集合生成器进行基准测试、弗里德里希·N.-O。de Bruyn Kops, C. Fachsenberg, F. Sommer, K., Rarey, M. Kirchmair, J.;j .化学。正无穷。模型。201757, 2719 - 2728。

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