猎户座® 抗体发现套件- AbXtract™ 从性能指标 现在可以使用下一代测序(NGS)抗体发现猎户座® 分子设计平台 .这些功能是AbXtract™的一部分,这是Orion的新抗体发现套件中的第一个模块。** AbXtract是与性能指标。 由安德鲁布拉德伯里博士 那 小说中的创新者抗体 Technologies,特定是抗体图书馆设计和发现的领导者。
与传统的菌落筛选方法相比,利用AbXtract进行NGS筛选可以帮助团队:
发现更多的线索: 与随机菌落筛选相比,增加克隆型的数量可达5到10倍
增加序列分集和群集表示: 在选择的种群中探索整个序列的多样性,甚至是那些通常被低通量方法忽略的、更丰富的抗体的罕见克隆
优先考虑有希望的线索: 结合已知数据,甚至是低通量分析数据,优先考虑具有最有利的开发能力和生物物理特征的先导物
降低成本: 实现高通量,成本是传统分析运行的一小部分
装备整个发现团队: 新手用户的自动化工作流程,同时允许专家用户完全配置其设置
从数百万序列到选择少数 Abxtract具有基于云的计算能力,用于处理数百万个序列到有意义的信息。其复杂的机器学习算法和工作流程帮助抗体工程师和生物信息管理员通过这种大量数据来解析,以表征序列和提取基于功能的特征。一旦确定有前途的引线,视觉模型可以进一步涉及决策。
猎户座中的基于NGS的抗体发现,oriON中的Abxtract有助于增加序列多样性和集群代表性,使团队更有机会揭示有前途的领导。
用户友好 - 以三个导向的步骤从您的数据中获取带领
步骤1:上传和处理序列数据(数百万到上千万的序列文件)。
将序列文件上传到orion
NGS:Fastq,Fasta
低吞吐量:FASTA, FASTQ, EXCEL, TSV, CSV
执行FASTQ质量过滤
执行高度多路复用实验的简单解复用
诠释识别兴趣的CDR和框架区域(IMGT,Kabat,Chothia或Custom Annotation)
产生理想地适合抗体发现的注释记录
步骤2:巩固序列,将相似抗体分组(1000 ~ 10000序列)。
提取特征
避免污染物
量化人口统计数据
CDR最大化多样性
分类功能
获得人口克隆的频率
消除坏序列(例如,在以前或以前的生物物理负债看到的序列)
评估脚手架分布
识别序列簇之间和簇内的关系,以避免冗余
在不同的实验条件下利用各种序列群体的已知数据
查看圆形到圆形的富集,以确定真正的粘合剂和更好的亲和粘合剂
耦合在低通量筛选的序列数据,用于具有所需特征的序列
确定不同目标人群中的重叠
步骤3:选择最佳的候选者(10s至1000秒)。
使用来自实验验证研究的NGS指标来确定最佳表演者
利用之前的知识:
M. aximize多样性
R. 得出风险
M. 赎回冗余
O. 将时间提高到临床前试验
最大限度地选择具有非常明显的基于序列的性质的引线
执行无监督的物理化学聚类以识别共享类似绑定模式的集群
容易选择未探索的抗体,具有不同的分析空间
识别与所表征相同的功能的其他克隆,例如:
一种 来自缺乏特定序列负债的同一集群的Ntibodies
一种 来自同一簇的非个体,具有广泛的亲和范围
量化来自通用和定制参考的开发责任
执行兴趣区域(ROI)基础的浓缩计算,跨选择轮次/人群
在更深的测序深度确定种群重叠。
识别结合不同靶或变体的克隆的相对丰度
确定NGS克隆,映射到已经确定的种群
额外资源
** abxtract™模块将于2021年12月在猎户座® 抗体发现套件上 猎户座云天然平台 .