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Quacpac.

Quacpac.

互变异构体枚举和电荷分配

Quacpac.提供必要的一切做得很好。由于分子相互作用的化学性是形状和静电,准确或至少一致的电荷表示对药物设计至关重要。但是,如果质子化状态错误,即使是最佳电荷模型也有限。

QuacPAC提供PKA和互变异构枚举为了获得正确的质子化状态。它还提供多个部分充电模型(包括MMFF94 [1],AM1-BCC [2]和琥珀色[3]),其覆盖一系列速度和质量,以便每次使用适当的充电。

QuacPAC的互变压枚举的方法是提供多个互变异构状态而不是一个“正确”互变异构体。然后使用随后的下游过程来鉴定适当的互变异构形式。

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quacpac-a.jpg.

使用AM1-BCC和Gasteiger模型向胶原酶抑制剂周围的静电电位。适当的充电对于准确的计算和有意义的可视化至关重要。

quacpac-b.gif.

比较AM1-BCC和Gasteiger电荷模型的准确性来复制实验测量的图表。

特征

  • pH 2-14的质子化状态枚举
  • 互变异构枚举和规范化
  • Gasteiger和MMFF94 [1]部分收费在每秒约1000分子
  • HF / 6-31g * am1-bcc [2]的质量收费为每秒1分子为药物大小的分子
  • 为pH = 7.4设定单个有利的电离状态

参考

  1. 默克分子力场。I. MMFF94的基础,形式,范围,参数化和性能Halgren,T. A.J. Comp。Chem.1996年17.,490。
  2. 快速,高效地产生高质量的原子电荷:AM1-BCC模型。II:参数化和验证Jaklian,A.,Jack,D.B.和八卦,C.,J.Chom。化学,2002年23.1623-1641。
  3. 多电石和多电形式RESH方法的应用对生物聚合物:DNA,RNA和蛋白的电荷衍生Cieplak,P.,Cornell,W.D.,Bayly,C.和Kollman,P.A.,J. Comp。Chem.1995年16.1357年。
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