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QUACPAC

QUACPAC

互变异构体/原体枚举和电荷分配

QUACPAC提供一切必要的做好收费工作.因为分子间相互作用的化学性质是形状和静电学的问题,准确或至少是准确的一致的指控表示是药物设计的关键。然而,如果质子态是错误的,即使是最好的电荷模型的价值也是有限的。

QUACPAC提供pKa和互变子枚举为了得到正确的质子态。它还提供了多部分电荷模型(包括MMFF94 [1], AM1-BCC[2]和AMBER[3]),涵盖了一系列的速度和质量,以便为每个终端用户提供适当的充电。

QUACPAC对互变异构体枚举的方法是提供多个互变异构体状态,而不是一个“正确的”互变异构体。随后的下游过程被用来识别适当的互变异构体形式。

有关QUACPAC的详细资料,请浏览以下连结:


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使用AM1-BCC和Gasteiger模型,当胶原酶抑制剂带电时,其周围的静电电位。适当的收费对于精确计算和有意义的可视化是至关重要的。

quacpac-b.gif

图表比较了AM1-BCC和Gasteiger电荷模型复制实验测量的准确性。

特性

  • pH 2-14的质子态枚举
  • 同构数枚举和规范化
  • Gasteiger和MMFF94[1]的部分电荷大约每秒1000个分子
  • HF/6-31G*质量电荷与AM1-BCC[2]在1个分子每秒药物大小的分子
  • 在pH=7.4时设置一个有利的电离状态

参考文献

  1. 默克分子力场。一、MMFF94的基础、形式、范围、参数化和性能Halgren, t。j . Comp。化学199617, 490年。
  2. 快速、高效地产生高质量的原子电荷:AM1-BCC模型。二:参数化和验证Jaklian, A., Jack, D.B. and Bayly, C., J. Comp. Chem,200223, 1623 - 1641。
  3. 多分子和多构象的RESP方法在生物聚合物中的应用:DNA、RNA和蛋白质的电荷推导Cieplak, Cornell, w.d., Bayly, C. and kolman, p.a.,j . Comp。化学199516, 1357年。
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