Rocs.

Rocs.

虚拟筛选和铅跳的形状相似性

Rocs.是一个强大的虚拟筛选工具可以通过形状比较快速识别潜在的活性化合物。ROCS与虚拟筛选中的基于结构的方法竞争,通常是在整体性能和一致性方面的基于结构的方法[3]。已经使用Rocs对目标的Roc鉴定了新颖的和有趣的分子支架,其通常被认为是对地址的计算技术非常困难的[4]。

ROCS是一种快速形状的比较应用,基于分子具有相似的形状,如果它们的体积覆盖良好并且任何体积错配是一种不相似性的措施。它使用平滑的高斯函数来表示分子量[5],因此可以常规地最小化到最佳全球匹配。

Rocs.对齐有许多应用:3D QSAR,SAR分析,了解脚手架多样性和常见结合元素的检测[6]。ROCS对晶体构象的对齐也是有用的姿态预测在没有蛋白质结构的情况下[7]。

vrocs.是创新的图形用户界面,使用户能够跳转到与ROC合作。vrocs还提供了一个强大的查询编辑器,使高级用户能够设计复杂查询。认识到查询验证的重要性,Vrocs包括统计工具的集合来评估不同查询的性能。

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文件 > 评估
Vrocs-screenshots-lg.jpg

VROCS在3D模式下运行ROC。

vrocs-screenshots-lg2.jpg

数据库分子覆盖在形状查询上。

特征

  • 基于匹配的3D形状和化学返回叠加层
  • 在单个CPU上处理20至40个化合物一秒钟
  • 在标准的可视化工具中(例如:vida.
  • 基于用户可定义的化学力场的化学匹配
  • 查询形状可以是分子,网格(例如电子密度,有源部位或任意体积)或两者的复合材料
  • 报告严谨的Tanimoto和Tversky在形状之间测量
  • 直观的图形用户界面与查询编辑器和查询验证的统计工具
  • 多处理器通过OpenMPI支持。可以使用最小的配置运行多台计算机,而不是Roc以外的额外安装
  • 通过MPI为所有支持的平台进行分布处理

参考文献

  1. 形状匹配和对接的比较作为虚拟筛选工具霍金斯,P.C.D.,技能人,A.G.,Nicholls,A.,j .地中海,化学。2007年50.74。
  2. 通过使用分子相互作用指纹评估脚手架跳跃效率Venhorst,J.,Nunez,S.,Terpstra,J.W.,Kruse,C.G.,j .地中海,化学。2008年51.,3222。
  3. 多种蛋白质结构和多个配体:对虚拟筛选结果表观良好的影响Sheridan,R.P.,McGaughey,G.B.,康奈尔,W.D.,J. COPPLE。辅助摩尔。des。2008年22.,257。
  4. 基于形状的3-D支架跳跃方法及其在细菌蛋白质 - 蛋白质相互作用中的应用Rush,T.S.,Grant,J.A.,Mosyak,L.,Nicholls,A.,J.Med。化学。2005年48.1489年。
  5. 一种快速分子形状比较方法:简单地应用了分子形状的高斯描述授予,J.A.,Gallardo,M.A.,Pickup,B.,J. Comp。化学。1996年17., 1653年。
  6. 多模板对齐方法用于建立可靠的3D-QSAR模型分析MMP3抑制剂Tuccinardi,T.,Ortore,G.,Amelia Santos,M.,Marques,S. M.,Nuti,E.,Rosello,A.,Martinelli,A. J.化学。,INF。模型2007年47.,2293。
  7. 分子识别的课程。2.评估和提高交叉扩展精度Sutherland,J.J.,Nandigam,R.K.,Erickson,J.A.,Vieth,M。j .化学。那Inf. Model2007年49.1715年。
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