中华民国

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虚拟筛选和领导跳跃的形状相似性

中华民国是一个强大的虚拟筛选可以通过形状比较快速识别潜在活性化合物的工具。在虚拟筛选中,在总体性能和一致性[3]方面,ROCS与基于结构的方法相竞争,甚至常常优于它们[1,2]。新的和有趣的分子支架已经被识别出来,使用ROCS针对通常被认为是计算技术很难解决[4]的目标。

ROCS是一种快速形状的比较应用,基于分子具有相似的形状,如果它们的体积覆盖良好并且任何体积不匹配是相似性的衡量标准。它使用平滑的高斯函数来表示分子量[5],因此可以常规最小化到最佳全球匹配。

中华民国比对有许多应用:3D QSAR, SAR分析,了解支架多样性和常见结合元素[6]的检测。ROCS对晶体构象的排列在提出了预测在缺乏蛋白质结构[7]的情况下。

vROCS是创新的图形用户界面,使用户可以直接使用ROCS。vROCS还提供了一个强大的查询编辑器,允许高级用户设计复杂的查询。认识到查询验证的重要性,vROCS包含了一组统计工具,用于评估不同查询的性能。

如欲了解更多有关ROCS的详细资料,请浏览以下连结:


文档 > 评估
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在3D模式下运行ROCS。

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覆盖在形状查询上的数据库分子。

特性

  • 返回基于匹配3D形状和化学的覆盖
  • 在单个CPU上每秒处理20到40个化合物
  • 在标准Visualizers中观看时,叠加在直观和视觉上提供信息(例如,维达
  • 基于用户可定义的化学力场的化学匹配
  • 查询形状可以是一个分子,一个网格(例如电子密度,活性位点,或任意体积)或两者的组合
  • Tanimoto和Tversky报告了严格的形状测量
  • 直观的图形用户界面,带有查询编辑器和用于查询验证的统计工具
  • 通过OpenMPI支持多处理器。可以在多台机器上运行,只需要最少的配置,而且除了ROCS之外不需要额外的安装
  • 通过MPI为所有支持的平台进行分布式处理

参考

  1. 形状匹配与对接作为虚拟筛选工具的比较霍金斯警局,斯基尔曼警局,总检察长,尼科尔斯警局,J.Med。化学。200750, 74年。
  2. 利用分子相互作用指纹图谱评价支架跳跃效率文霍斯特,努涅斯,S.,特普斯特拉,J. w .,克鲁斯,C.G.J.Med。化学。200851, 3222年。
  3. 多种蛋白质结构和多种配体:对虚拟筛选结果的表观良度的影响r.p., mcgauhey, g.b., Cornell, w.d.,j .第一版。辅助摩尔,Des。200822, 257年。
  4. 基于形状的三维支架跳变方法及其在细菌蛋白-蛋白相互作用中的应用拉什,t。s。格兰特,j。a。莫斯亚克,L。尼科尔斯,A, J. Med,化学。200548, 1489年。
  5. 一种快速比较分子形状的方法:分子形状的高斯描述的简单应用格兰特,j。a。盖拉多,硕士,皮卡,B。j . Comp。化学。1996171653年。
  6. 用于开发可靠的3D-QSAR模型的Multimplate对准方法,用于分析MMP3抑制剂T. Tuccinardi, T. Ortore, G., Amelia Santos, M., Marques, S. M., nui, E., Rosello, A., Martinelli, A. J.。化学。,Inf. Model200747, 2293年。
  7. 分子识别课程。评估和提高交叉对接的准确性萨瑟兰,南迪加姆,r.k.,埃里克森,j.a., Vieth, M。J. Chem。,INF。模型200749, 1715年。
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