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TK形状

TK形状

TK形状基础是188app彩票 申请shape-based相似性搜索.该工具包允许对优化方法、分子处理和查询的性质(网格、通用形状)进行精细控制。Shape TK有助于计算形状(立体多极)、分子间体积重叠、化学基团空间相似性(色力场)的分子描述符,以及后两个量的优化。

使用的例子包括对齐和比较蛋白活性位点,对电子密度进行真实空间拟合,形状指纹[1],一致形状生成,以及基于共同形状[2]的激动剂和拮抗剂的鉴别。

有关Shape TK的更多详细信息,请查看以下链接:


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由建模工具包组合获得的结果示例:来自Omega TK的构象使用Shape TK进行叠加,而表面和着色由Spicoli TK生成。

Cheminformatics

Cheminformatics工具包提供了所有OpenEye应用程序和其余工具包构建的核心基础。化学信息学套件是七个独立但相互依赖的工具包的集合,如下表所述。

工具包 主要功能
FastROCS TK 实时形状相似度用于虚拟筛选,引导跳跃和形状聚类
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDepict TK 二维分子渲染和描绘
字母™TK 先进的分子渲染和报告生成
GraphSim TK 二维分子相似性(例如指纹)
Lexichem TK 名字到结构,结构到名字,外语翻译
MolProp TK 分子性质计算及过滤
Quacpac TK 互变子枚举和电荷分配
MedChem TK 匹配分子对分析,碎片实用程序,和分子复杂性度量

建模

工具包的Modeling套件提供了OpenEye定义原则下的核心功能形状静电学是确定分子间相互作用的两个基本描述符。Modeling套件中的许多工具包直接与特定的OpenEye应用程序相关联,因此可以用于创建新的或扩展与这些应用程序相关联的现有功能。

工具包 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDocking TK 分子对接与评分
ωTK 构象异构体代
TK形状 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
云杉TK 蛋白质制备与建模
Szybki TK 通用优化MMFF94
Szmap TK 理解水在结合位点中的相互作用
Zap TK 计算Poisson-Boltzmann静电势

参考文献

  1. 小分子shape-fingerprints黑,J. A.,皮卡,B. T.,格兰特,J. A.,尼科尔斯,A.,j .化学。正无穷。模型。200545, 673年。
  2. 5,6-二芳基吡嗪-2-酰胺衍生物的支架跳变、合成及构效关系:一系列新的CB1受体拮抗剂Boström, J., Berggren, K., Elebring, T., Greasley, P.J, Wilstermann, M.,Bioorg医疗化学。200715, 4077年。
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