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蛋白质结合位点的快速比较

比较蛋白质结合位点是药物发现的重要方法，在许多以结构为中心的研究中起着重要作用。结合位点比较方法的一个挑战是这些方法的广泛目标:从在诱导匹配分析或理解选择性中识别很大程度上相似的位点之间的细微差异，到在药物再利用或目标垂钓搜索中识别总体相似性。

SiteHopper代表了OpenEye Shape和Color方法的一个应用，它已经非常成功188app彩票 到蛋白质比较领域。将结合位点作为具有确定形状和化学特征的结构体，可以快速搜索数据库用户可以生成自己的蛋白质数据库来搜索或使用我们提供的公开可用结构数据库。用户只需几分钟，就可以在Nvidia GPU上将查询的蛋白质与包含数十万蛋白质结合位点的数据库进行比较。SiteHopper的速度和灵活性在药物再用途、预测脱靶效应和药物设计项目中的多药理学等方面开辟了新的途径。

引用:

利用蛋白质序列、结构和配体相似性预测具有共同活性配体的蛋白质对。Chen Yu-Chen, Robert Tolbert, Alex M. Aronov, Georgia mcgauhey, W. Patrick Walters, Lidio meirelle。化学信息与建模学报201656(9), 1734 - 1745。DOI: 10.1021 / acs.jcim.6b00118

蛋白质家族内部和之间的特殊结构和多药理学。约书亚Meyers,尼古拉·e·a·Chessum Salyha阿里,n .易Mok Birgit威尔丁,Elisa帕斯瓜,马丁•罗兰兹迈克尔·j·塔克,林赛·e·埃文斯,卡尔·s·黑麦、丽莎O 'Fee Yann-Vai勒比昂,迷迭香伯克,迈克尔·卡特,保罗•沃克曼朱利安•布拉格Nathan布朗,罗伯·l·m·范·蒙特福特凯斯•琼斯和马修·d·Cheeseman。ACS药物化学快报20189(12), 1199 - 1204。DOI: 10.1021 / acsmedchemlett.8b00364