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蛋白质结合位点的快速比较

比较蛋白质结合位点是药物发现中的一种重要方法，在许多以结构为中心的研究中起着重要作用。结合位点比较方法面临的一个挑战是此类方法的广泛目标：从在诱导拟合分析或理解选择性中识别基本相似位点之间的细微差异，到识别药物再利用或目标捕获搜索的一般相似性。

SiteHopper代表了OpenEye形状和颜色方法的应用，该方法在188app彩票 到蛋白质比较领域。将结合位点视为具有特定形状和一组化学特征的结构，可以快速搜索数据库对于已知结构，用户可以生成自己的蛋白质数据库，以搜索或使用我们提供的公共可用结构数据库。然后，用户可以在几分钟内将查询蛋白质与Nvidia GPU上数十万个蛋白质结合位点的数据库进行比较。SiteHopper的速度和灵活性为药物重新利用、预测靶外效应和药物设计项目中的多药理学等用途开辟了新的途径。

参考资料：

利用蛋白质序列、结构和配体相似性预测共享共同活性配体的蛋白质对。陈宇晨、罗伯特·托尔伯特、亚历克斯·M·阿罗诺夫、乔治亚·麦格希、W·帕特里克·沃尔特斯和利迪奥·梅雷利。化学信息与建模杂志201656 (9), 1734-1745. DOI:10.1021/acs.jcim.6b00118

蛋白质家族内部和之间的特权结构和多药理学。约书亚·迈尔斯、尼古拉·E·A·切瑟姆、萨利哈·阿里、N·伊莫、伯吉特·威尔丁、A·伊莉莎·帕斯库、马丁·罗兰兹、迈克尔·J·塔克、林赛·E·埃文斯、卡尔·S·莱伊、丽莎·奥菲、亚恩·瓦伊勒·比汉、罗斯玛丽·伯克、迈克尔·卡特、保罗·沃克曼、朱利安·布拉格、内森·布朗、罗布·范蒙福特、基思·琼斯和马修·契斯曼。ACS药物化学通讯20189 (12), 1199-1204. DOI:10.1021/acsmedchemlett.8b00364