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    蛋白质制备与建模

    蛋白质制备与建模

    任何生物物理建模项目的结果质量很大程度上取决于首先从实验数据文件(如PDB或mmCIF)准备系统的能力。不幸的是,这些实验往往不能解决生物系统的关键部分。缺失的细节可能像质子的位置一样无害,也可能像缺失蛋白质的整个可移动部分一样极端。

    SPRUCE简化了制备过程,自动将系统分解成单个的生物成分,添加任何缺失的质子或残基,最后优化整个系统的氢键网络。

    SPRUCE的结构制备工作流程执行的任务包括枚举生物单元、替换位置(如果存在)、建模缺失的残基和环、放置和优化氢,计算结合异构体(配体和辅助因子)可能的互变异构体状态。

    SPRUCE的产出是一个OEDesignUnit。OEDesignUnit将所有东西都很好地组件化,使得选择哪些关键部件要包括在后续建模任务中,哪些部件要丢弃(如赋形剂)变得很容易。

    SPRUCE进一步利用了Iridium分类[1],为用户提供了关于哪种结构最适合用于建模的信息。此外,SPRUCE还强调了结构中需要特别注意的部分,如果要用于建模的话。

    SPRUCE提供了一系列扩展的建模任务,如点突变、侧链重构和使用基于模板的方法进行循环建模。

    此外,SPRUCE还提供了几种基于序列、二级结构或活性位点形状的叠加方法,每一种方法都根据叠加蛋白质的相似性提供好处。

    基于结构的药物设计需要为下游建模应用精心准备实验结构。SPRUCE是一款综合性的生物建模制备工具,可以读取几种文件格式的实验解决(或建模)的蛋白质和/或核酸结构,并为对接或分子模拟做好建模准备。

    想知道SPRUCE如何帮助您的蛋白质建模项目,请联系我们info@eyesopen.com

    Prepared-OEDesignUnit

    从PDB代码3TPP编写OEDesignUnit。模型侧链和环在棕色。Loop 1: GLU 310 A和THR 314 A之间的DVA, Loop 2: ALA 157 A和VAL 170 A之间的GFPLNQSEVLAS

    Spruce-loops-built-from-templates

    基于Rossi等人[2]数据集的循环建模性能。

    参考文献

    1. 在药物发现中使用蛋白质配体结构的基本考虑G.L. Warren, t.d. Do, b.p. Kelly, A. Nicholls, s.d. Warren, Drug Discov。今天,2012,17,1270-81

    2. 蛋白质建模中的漏洞和缺失环节A. Rossi, C. A. Weiglet, A. Nayeem, S. R. Krystek Jr.普罗特。Sci,2007, 1999 - 2012
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