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云杉TK

云杉TK

任何生物物理建模项目的结果质量在很大程度上取决于首先从实验数据文件(如PDB或mmCIF)准备系统的能力。不幸的是,这些实验往往无法解决生物系统的关键问题。缺失的细节可能与质子的位置一样无辜,也可能与蛋白质缺失的整个可移动部分一样极端。

Spruce TK通过自动将系统分解为单个生物组分、添加任何缺失的质子或残留物来简化制备过程,并通过优化整个系统的氢键网络来完成。

Spruce TK的结构制备工作流程执行的任务包括枚举生物单元,替换位置(如果存在),建模缺失的残基和环,放置和优化氢,计算结合异构体(配体和辅助因子)可能的互变异构体状态。

云杉TK的产量是一个单位。OEDesignUnit将所有内容都进行了良好的组件化,从而可以轻松选择在后续建模任务中包含哪些关键部件,以及丢弃哪些部件(例如赋形剂)。

Spruce TK进一步利用铱星分类[1],为用户提供关于哪种结构最适合用于建模的信息。此外,如果要在建模中使用,云杉TK会突出显示需要特别注意的结构部分。

Spruce TK提供了一系列扩展的建模任务,如使用基于模板的方法进行点突变、侧链重新建模和循环建模。

此外,云杉TK还提供了几种基于序列、二级结构或活性位点形状的叠加方法,每种方法都根据叠加蛋白质的相似性提供优势。

基于结构的药物设计需要为下游建模应用仔细准备实验结构。Spruce TK是一种综合性的生物模型制备工具,它可以以多种文件格式读取实验求解(或建模)的蛋白质和/或核酸结构,并使其为对接或分子模拟做好建模准备。

要了解云杉TK如何帮助您的蛋白质建模项目,请联系我们info@eyesopen.com


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设计小组

通过组合建模工具包获得的一个结果示例:来自Omega-TK的构象使用Shape-TK覆盖,而表面和颜色由Spicoli-TK生成。

从模板构建的云杉循环

参考文献

  1. 在药物发现中使用蛋白质-配体结构的基本考虑G.L.Warren,T.D.Do,B.P.Kelly,A.Nicholls,S.D.Warren,Drug Discov。今天,2012年,171270-81

  2. 蛋白质建模中的漏洞和缺失环节A.Rossi,C.A.Weiglet,A.Nayem,S.R.Krystek Jr。,普罗特。Sci。,2007, 1999-2012

建模

工具包的Modeling套件提供了OpenEye定义原则下的核心功能形状&静电学是决定分子间相互作用的两个基本描述符。建模套件中的许多工具包直接与特定的OpenEye应用程序关联,因此可用于创建新的或扩展与这些应用程序关联的现有功能。

工具箱 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OETK 分子对接和计分
ω-TK 构象生成
形状TK 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli-TK 曲面生成、操纵和查询
Szmap-TK 理解结合位点中的水相互作用
Szybki-TK 通用优化MMFF94
Zap TK 算计泊松-玻尔兹曼静电势

化学信息学

工具箱的化学信息套件提供了所有OpenPEYE应用程序和剩余工具包的核心基础。化学信息套件是七个独立但相互依存的工具包的集合,如下表所述。

工具箱 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OETK 分子对接和计分
ω-TK 构象生成
形状TK 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli-TK 曲面生成、操纵和查询
Spicoli-TK 曲面生成、操纵和查询
云杉TK 蛋白质制备与建模
Szybki-TK 通用优化MMFF94
Szmap-TK 理解结合位点中的水相互作用
Zap TK 算计泊松-玻尔兹曼静电势
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