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云杉TK

云杉TK

任何生物物理建模项目的结果质量很大程度上取决于首先从实验数据文件(如PDB或mmCIF)准备系统的能力。不幸的是,这些实验往往不能解决生物系统的关键部分。缺失的细节可能像质子的位置一样无害,也可能像缺失蛋白质的整个可移动部分一样极端。

Spruce TK简化了制备过程,自动将系统分解成单个的生物成分,添加任何缺失的质子或残基,并通过优化整个系统的氢键网络完成。

Spruce TK的结构制备工作流程执行的任务包括枚举生物单元,替换位置(如果存在),建模缺失的残基和环,放置和优化氢,计算结合异构体(配体和辅助因子)可能的互变异构体状态。

Spruce TK的产出是一个OEDesignUnit。OEDesignUnit将所有东西都很好地组件化,使得选择哪些关键部件要包括在后续建模任务中,哪些部件要丢弃(如赋形剂)变得很容易。

此外,Spruce TK通过向用户提供关于哪种结构最适合用于建模的信息,利用了Iridium分类[1]。此外,Spruce TK强调了需要特别注意的结构部分,如果它是用于建模。

Spruce TK提供了一系列扩展的建模任务,如点突变、侧链重构和使用基于模板的方法的循环建模。

此外,Spruce TK还提供了几种基于序列、二级结构或活性位点形状的叠加方法,每一种方法都根据被叠加的蛋白质的相似性提供好处。

基于结构的药物设计需要为下游建模应用精心准备实验结构。Spruce TK是一个全面的,生物建模准备工具,读取实验解决(或建模)的蛋白质和/或核酸结构在几个文件格式,使他们建模准备,对接或分子模拟。

要了解Spruce TK如何帮助您的蛋白质建模项目,请与我们联系info@eyesopen.com


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Prepared-OEDesignUnit

一个关于建模工具包的组合结果的例子:来自Omega TK的构象使用Shape TK叠加,而表面和着色是由Spicoli TK生成的。

Spruce-loops-built-from-templates

参考文献

  1. 在药物发现中使用蛋白质配体结构的基本考虑G.L. Warren, t.d. Do, b.p. Kelly, A. Nicholls, s.d. Warren, Drug Discov。今天,2012,17,1270-81

  2. 蛋白质建模中的漏洞和缺失环节A. Rossi, C. A. Weiglet, A. Nayeem, S. R. Krystek Jr.普罗特。Sci,2007, 1999 - 2012

建模

工具包的Modeling套件提供了OpenEye定义原则下的核心功能形状静电学是确定分子间相互作用的两个基本描述符。Modeling套件中的许多工具包直接与特定的OpenEye应用程序相关联,因此可以用于创建新的或扩展与这些应用程序相关联的现有功能。

工具包 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDocking TK 分子对接与评分
ωTK 构象异构体代
TK形状 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
Szmap TK 理解水在结合位点中的相互作用
Szybki TK 通用优化MMFF94
Zap TK 计算Poisson-Boltzmann静电势

Cheminformatics

Cheminformatics工具包提供了所有OpenEye应用程序和其余工具包构建的核心基础。化学信息学套件是七个独立但相互依赖的工具包的集合,如下表所述。

工具包 主要功能
OEChem TK 核心化学处理和表示以及分子文件I/O
OEDocking TK 分子对接与评分
ωTK 构象异构体代
TK形状 三维形状描述、优化和重叠
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
Spicoli TK 表面生成,操作和讯问
云杉TK 蛋白质制备与建模
Szybki TK 通用优化MMFF94
Szmap TK 理解水在结合位点中的相互作用
Zap TK 计算Poisson-Boltzmann静电势
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