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SZMAP /足球

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水… 很重要,当它很重要

所有的蛋白质-配体结合作用都发生在水环境中,因此预测结合位点内溶剂分子的作用是理解结合亲和力的必要步骤。然而,蛋白质和配体与水分子的相互作用可能具有复杂而不明显的作用,这可能使水分子之间的相互作用变得复杂和模糊先导物优化运动。SZMAP是OpenEye的应用程序,帮助建模人员和药物化学家了解水在分子相互作用中的作用,如配体结合。利用水作为透镜,SZMAP可以为用户提供对结合位点关键特征的洞察,预测相邻的水在哪里以及如何影响配体的结合,或生成配体修饰假说,旨在更好地利用结合位点的特定区域。SZMAP采用的半连续体[1,2]方法结合了一个明确的水分子和坚固的连续体溶剂方法[3],经典的统计力学,彻底的采样加上分析特定水方向的能力。

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整合到SZMAP的是Gameplan,这是一种独特的配体修饰/优化方法,基于蛋白质结合位点上靠近配体的水的能量学。188188金宝搏 通过对水稳定性的焓和熵贡献的理解,为分子支架的操作或对支架的添加/扩展提供易于解释的建议,以提高结合亲和力。

查阅更详细的资料SZMAP,请参阅以下连结:

文档>评估
SZMAP
SZMAP计算确定了在结合位点溶剂热力学的重要有利或不利区域。显示了主要的水方向,通常匹配与蛋白质结合的配体上有益的功能基团。
足球的
与之配套的工具Gameplan进行SZMAP计算,并根据对配体直接环境中水结构的理解,分析结果,提出修改配体化学的方法。
Szmap
SZMAP结果可以在二维Grapheme描述中总结,其中计算值显示在结合位点环境的上下文中。
szmap -表- 1. - png

SZMAP和Gameplan能够很好地利用多个处理器来加快单台计算机和计算机网络的计算速度。在以前的SZMAP版本中,在一个CPU上花费了近3个小时的计算,显著的加速是可能的。

特性

  • 绘制不同的热力学性质的全息,载具和配体结构
  • 确定关键的水地点和它们的朝向偏好
  • 预测配体结合时水活度的变化
  • 在特定的坐标集上执行非常快速的计算,例如结合配体的原子中心
  • GamePlan允许快速计算和分析SZMAP结果,提出配体修饰假说
  • 包括一个设施写数据到多种网格格式和执行数学运算的SZMAP网格
  • 结果可以在三维可视化使用118金宝搏抽水
  • 2D Grapheme表示SZMAP结果的格式,这是一个化学家自然
  • 改进的速度和充分的并行通过MPI。

参考文献

参考文献

  1. 从离子水化的半连续模型计算1000℃和5000 bar下含水电解质的热力学性质唐格,j.c.,皮策,k.s.,期刊。化学。198993, 4941 - 4951。
  2. 基于水合熵和疏水效应的连续体计算Rashin, a.a., Bukatin, m.a.,期刊。化学。199195, 2942 - 2944。
  3. Poisson-Boltzmann溶剂化方法的光滑介电常数函数格兰特,j。A。皮卡,B。尼科尔斯,A。j . Comp。化学。200122, 608 - 640。

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