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SZMAP /足球

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水......它的地方 事项,什么时候重要

所有的蛋白质-配体结合作用都发生在水环境中,因此预测结合位点内溶剂分子的作用是理解结合亲和力的必要步骤。然而,蛋白质和配体与水分子的相互作用可能具有复杂而不明显的作用,这可能使水分子之间的相互作用变得复杂和模糊188app官网 活动。SZMAP是Openeye的应用,以帮助建模者和药用化学家了解水在分子相互作用如配体结合中的作用。使用水作为镜片,SZMAP可以向用户提供关于绑定部位的关键特征的识别,预测相邻水域如何影响配体的结合,或者产生配体修饰假设,该配体修饰假设旨在更好地利用在结合位点上的特定区域。SZMAP中使用的半连续体[1,2]方法将一个明确的水分子与鲁棒连续体溶剂方法[3],经典统计力学和彻底的采样加上分析特定的水取向的能力。

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集成到SZMAP中,是游戏机,基于近于感兴趣的植物配体的蛋白质结合位点的积分能量的能量学基于水分的独特方法。188188金宝搏 易于易于解释用于操纵分子支架或向该支架的添加/延伸的建议,以利用对焓和熵促进到水稳定性的理解来改善结合亲和力。

查阅更详细的资料szmap., 检查下方的链接:

文件>评估
szmap.
SZMAP计算识别结合位点中的溶剂热力学的显着良好或不利地区。显示了主要的水取向,通常与结合蛋白质的配体匹配有益官能团。
比赛计划
Companion工具,GamePlan,运行聚焦的SZMAP计算,并分析结果,提出基于对配体的直接环境中的水结构的理解来改变配体化学的方法。
szmap.
SZMAP结果可以概括为2D图形描绘,其中计算值在绑定站点环境的上下文中显示。
szmap-chart-1.png

SZMAP和GamePlan能够良好地利用多个处理器来速度计算单个计算机和计算机网络。在一个CPU与先前版本的SZMAP上的CPU上接近3小时,可以实现显着的加速。

特性

  • 跨Holo,Apo和配体结构映射各种热力学性质
  • 确定关键的水地点和它们的朝向偏好
  • 预测配体绑定的水活性变化
  • 在指定的坐标上执行非常快速的计算,例如束缚配体的原子中心
  • GamePlan允许快速计算和分析SZMAP结果,提出配体修饰假说
  • 包括用于将数据写入多个网格格式的设施,并在SZMAP网格上执行数学操作
  • 结果可以在3D中可视化118金宝搏抽水
  • 2D图形表示显示SZMAP结果是化学家自然的格式
  • 通过MPI提高速度和完全并行化。

参考文献

参考文献

  1. 从离子水化的半连续模型计算1000℃和5000 bar下含水电解质的热力学性质丹特,J.C.,Pitzer,K.S.,J. phys。化学。1989年93.,4941-4951。
  2. 基于连续的水合熵和疏水作用的计算拉辛,A.A.,Bukatin,M.A.,J. phys。化学。1991.95.,2942-2944。
  3. Poisson-Boltzmann溶剂化方法的平滑介电常数Grant,J.A.,Pickup,B.,Nicholls,A.,J. Comp。化学。2001年22.,608-640。

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