用MMFF94原位优化分子结构
SZYBKI[1]利用默克分子力场优化分子结构,以产生高质量的3D分子结构,作为其他程序的输入。由于分子相互作用的化学性质是形状和静电的问题,如果没有合理的三维分子结构,就不可能考虑两者。
SZYBKI还可以细化蛋白质结构的一部分,并优化配体在一个蛋白质活性位点内这使得它与对接项目结合起来很有用。
自由的是SZYBKI的一个新的实用程序,它提供两个功能(1)自由配体的溶剂化能,(2)从溶液相构象集合到单一的生物活性构象的自由能。
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