188金宝账号上不去怎么回事铅优化

SZYBKI /自由

SZYBKI /自由

用MMFF94原位优化分子结构

SZYBKI[1]利用默克分子力场优化分子结构,以产生高质量的3D分子结构,作为其他程序的输入。由于分子相互作用的化学性质是形状和静电的问题,如果没有合理的三维分子结构,就不可能考虑两者。

SZYBKI还可以细化蛋白质结构的一部分,并优化配体在一个蛋白质活性位点内这使得它与对接项目结合起来很有用。

自由的是SZYBKI的一个新的实用程序,它提供两个功能(1)自由配体的溶剂化能,(2)从溶液相构象集合到单一的生物活性构象的自由能。

查阅更详细的资料SZYBKI,请参阅以下连结:


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SZYBKI /自由

SZYBKI配体的原位优化。

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精确的泊松-玻尔兹曼与谢菲尔德溶剂化模型溶剂化能量数据库的64,000类药物分子[3]。

特性

  • 在不同环境下进行配体熵计算的能力
  • 处理某些类二价硒化合物的能力,包括硒醇(RSeH)和某些特定的硒化合物(RSeR1)。
  • 报道的配体RMSD值现在可以选择性地参考重原子。
  • 通过查找表,更快地计算活性位点的默认VdW蛋白配体电位。如果需要,还可以计算出确切的VdW蛋白配体电位。
  • MMFF94和MMFF94的能量或优化的几何形状;原子类型,能量和梯度严格验证默克公司发布的数据集[2]
  • 采用ZAP的Poisson-Boltzmann模型或Sheffield模型[3]进行溶剂效应的结合能和几何优化
  • 蛋白质活性位点极性氢或侧链的灵活性
  • 蛋白活性位点领域内的配体优化
  • 几种坐标系下的梯度最小化(笛卡尔坐标系,扭转坐标系,刚体坐标系)
  • 完全优化(气相)大约每分钟200个药物大小的分子
  • 在确定能量和梯度时,可选地从势中排除各种项
  • 约束坐标(固定原子或调和约束)
  • 通过MPI为所有支持的平台进行分布式处理

参考文献

  1. Szybki (shib´·kee)在波兰语中的意思是“快”。
  2. 溶剂化和蛋白质络合作用下的气相配体熵。拟牛顿Hessian快速估计Wlodek S, Skillman, a.g., Nicholls, A。j .化学。理论第一版。20106 (7), 2140 - 2152。
  3. 默克分子力场。一、MMFF94的基础、形式、范围、参数化和性能Halgren实际高度,j . Comp。化学199617, 490年。
    mmff94的能量最小化研究选项Halgren实际高度,j . Comp。化学199920., 720年。
  4. 介电极化能的一个简单公式:谢菲尔德溶剂化模型格兰特,j.a.,皮卡,b.t.,赛克斯,m.j.,厨房,c.a.,尼科尔斯,A,化学。理论物理。列托人。2007441, 163年。
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